連續(xù)色調(diào)的圖像是模擬的光學(xué)和電子設(shè)備，通過(guò)多種方法，如電信號(hào)波動(dòng)或圖像中的所有尺寸不斷變化的膠片感光乳劑的化學(xué)性質(zhì)的變化序列，準(zhǔn)確記錄圖像數(shù)據(jù)。在連續(xù)音或模擬圖像進(jìn)行處理，或由計(jì)算機(jī)顯示的順序，它必須首先被轉(zhuǎn)換成計(jì)算機(jī)可讀形式或數(shù)字格式。此過(guò)程適用于所有顯微鏡圖像，無(wú)論起源和復(fù)雜性，以及他們是否存在黑白（灰度）或全彩色。數(shù)字圖像是由一個(gè)長(zhǎng)方形（或正方形）像素代表了一系列強(qiáng)度值的數(shù)組，并下令通過(guò)一個(gè)有組織的（X，Y）坐標(biāo)系。
由于圖像尺寸一般在正方形或長(zhǎng)方形，每個(gè)像素，從圖像的數(shù)字化的結(jié)果是由一個(gè)特定的x和y值安排在一個(gè)典型的直角坐標(biāo)系的坐標(biāo)對(duì)代表。 x坐標(biāo)指定的水平位置或列的像素的位置，而y坐標(biāo)表示的行號(hào)或垂直位置。
